Maaseudun Terveys- ja Lomahuolto ry:n yhdistyskokous on ylin päättävä elin. Yleinen kokous kokoontuu vuosi- ja syyskokoukseen ja tarvittaessa ylimääräiseen kokoukseen. Hallituksen muodostavat yleisen kokouksen valitsema järjestön puheenjohtaja ja hallituksen kahdeksan muuta jäsentä. Jäsenjärjestöjä on 21. Jäsenjärjestöt kokoontuvat sääntömääräisiin vuosi- ja syyskokouksiin. Maaseudun tukihenkilöverkon toimintaa linjaa asiantuntijoista koostuva ohjausryhmä.
MTLH:n hallitus 1.1.2021 alkaen:
Maatalousyrittäjä, ESH Sari Palmu, puheenjohtaja
Kenttäjohtaja Mari Kokko, jäsen
Pääsihteeri Miikkael Azaize, jäsen
Ylilääkäri Marjut Frantsi-Lankia, jäsen
Toiminnanjohtaja Hanna Mattila, jäsen
Järjestöneuvos Esko Lappalainen, jäsen
Johtaja Timo Sipilä, jäsen
Toimitusjohtaja Helena Ylikylä-Leiva, jäsen
Maatalousyrittäjä Hanna Yli-Liipola, jäsen
